16生成OTU表

在扩增序列X的过程中，在序列延伸阶段，只产生了部分X序列延伸阶段就结束了，在下一轮的PCR反应中，这部分序列作为序列Y的引物接着延伸，扩增就会形成X和Y的嵌合体序列。

### 参考数据库RDP
wget http://drive5.com/uchime/gold.fa

usearch10 -uchime2_ref （除嵌合体）

## 基于RDP数据库 去嵌合
usearch10 -uchime_ref otus_chimera.fa -db gold.fa -strand plus -nonchimeras otus.fa

（“去除非细菌的序列”）

usearch10 -usearch_global （生成otu表）

## OTU表，是每个OTU在每样品中的丰度值,得到一个矩阵表
usearch10 -usearch_global usearch_input.fa -db otus.fa -otutabout otu_table.txt -biomout otu_table.biom -strand plus -id 0.97 -threads 10

 

 

参考：宏基因组