16S OTU表的处理

回顾上几次的处理的步骤，已有的文件有OTU表otu_table.txt、OTU物种注释文件otus_tax_assignments.txt。

本节操作包括两内容：

①添加注释信息至OTU表

②对OTU表做筛选 （根据数据量以及最低丰度过滤数据）

### 转化otu_table.txt 为biom 格式
biom convert -i otu_table.txt -o otu_table.biom --table-type="OTU table" --to-json

##添加物种信息至OTU表最后一列，命名为taxonomy
biom add-metadata -i otu_table.biom  --observation-metadata -fp otus_tax_assignments.txt -o otu_table_tax.biom --sc-separated taxonomy --observation-header OTUID,taxonomy 

# 转换biom为txt格式
biom convert -i otu_table_tax.biom -o otu_table_tax.txt --to-tsv --header-key taxonomy

# OTU表格式调整方便R读取
sed -i '/# Const/d;s/#OTU //g;s/ID//g' otu_table_tax.txt

# 筛选最终OTU表中对应的OTU序列(可以自己写脚本，比较简单)
filter_fasta.py -f otus.fa -b otu_table_tax.biom -o out_seqs4.fa

 

 

 

参考：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMjA4Njc1MA==&mid=2247483871&idx=1&sn=4f4b4b5e1f793b73d7c3f85c8067ad26&scene=21#wechat_redirect