16S聚类OTU
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2024-03-01 17:19:10
...
QIIME+USearch 组合定制的16S分析流程
## 1 转换 USearch的要求的格式
# Usearch要求的格式
### >sample_num;barcodelabel=sample
>BA2_1;barcodelabel=BA2
CCTGTTCGATACCCGCACTTTCGTGC
## 1 转换 QIIME的要求的格式
##QIIME的要求格式
### >sample_num
>BA2_1
CCTGTTCGATACCCGCAC
## 2 去冗余序列
usearch10 -fastx_uniques (去冗余命令)
usearch10 -fastx_uniques usearch_input.fa --fastaout usearch_unique.fa -minuniquesize 2 --sizeout
简要说明:
-fastaout接输出文件;
-minuniquesize参数设置保留的最小丰度reads数,建议最小设置为2,去掉所有的单次出现序列 (singletons),数据量大建议设置总数据量的百万分之一并取整数部分
-sizeout 在序列名称中添加序列出现的频率
##3 聚类
usearch10 -cluster_otus (聚类命令)
usearch10 -cluster_otus usearch_unique.fa -otus otus_chimera.fa -relabel OTU_ -uparseout results.txt
简要说明:
-otus 输出的otu文件的fasta格式;
-uparseout 输出聚类的具体细节
-relabel Otu为重命名序列以Otu起始
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