提取Blast2go blast结果中的一部分
程序员文章站
2022-03-26 16:02:38
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问题
有两个样本,二者之间有些序列是重复的,因此其中一个过滤掉了重复的序列后才进行 Blast2go 分析,,另一个则全体。 现在需要把过滤掉那部分序列的也给合并过来。
思路
可以根据序列 id,直接 grep xxxx *.xml
,从另一样本那里获得 XML 文件,然后拷贝到新的目录下,再导入到相应 b2g 文件中。
# 例如
grep -P '\bTSA_246786\b' *.xml
注意:
- 在脚本里要转义:
\\b
。 - Blast2go 本地 BLAST 的结果格式为 XML2。
虽然有点慢,但的确可行,毕竟 BLAST 只会更慢,咱没有服务器,只有破电脑一台。
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