NCBI下载SRA数据
程序员文章站
2024-03-01 17:10:04
...
没错，常规的用SRA Tookit，聪明的我又安装了Aspera Connect。NCBI有Aspera接口，速度很快。
安装Aspera Connect后，prefetch优先使用ascp方式下载。
我简单的比较一番，fastq-dump平均下载速度大概100kb/s，ascp能达到10M/s。我195M的数据刚敲完键盘就下载完了。
然后用fastq-dump转换格式之fastq。
geek:trig yuwq$ prefetch SRR1544031
geek:sra yuwq$ fastq-dump SRR1544031.sra
Read 1522640 spots for SRR1544031.sra
Written 1522640 spots for SRR1544031.sra
prefetch下载的sra格式文件目录~/ncbi/public/sra
yuwq
24/5/2017
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