ncbi下载sra数据

避免再次出现下载SRA数据找不到下载链接，记录一下

1，下载sra工具，去官网上下载sratoolkit最新版本https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software，解压安装。

2.然后在NCBI里面搜索SRA，输入所查找的号，比如SRR6040618

3.进入后，点击右上角的Send to，选择File，在下拉页选择Runinfo，点击Create file。这时会下载srarunindo.csv，然后download_path栏就是下载地址。

4.复制地址，用wget下载即可。

5.或者是下载ftp文件

NCBI存放路径：

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR548/SRR5483090/
可见ftp构成：
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/+SRR+登陆号前三位数字（548）+/SRR+完整登陆号（5483089）
进入即可看到FTP文件,可以直接下载或者通过复制链接用wget 下载
如果按SRP下载文件的话，构成是
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/+SRP+SRP前三位数字 (105) +/SRP+SRP的完整登陆号(105315)

6.或者用sratoolkit里面的sratoolkit下载，可能更快。

prefetch SRR8282932 -o /PATH/TO/DIR

7.批量下载SRA文件（多个sra号存放SRR_Acc_List.txt）

加上输出文件的路径，不然会下载完成后不知道数据在哪里。网上都说是下载在根目录下的ncbi/public/sra下面，奈何找了半天，仍是没有找到，后面通过find / -type f -name "SRR6040617.sra"在同事的ncbi的文件下找到。
本来是用绝对路径bin下的prefetch来运行的，却不知为啥跑到这里的。

prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt

8.用.sh文件

cat SRR_Acc_List.txt|while read line
do
echo $line
prefetch  ${line}
done

9.可以将所有url放入一个文件(url.txt)之内，进行批量下载，使用wget命令

wget -i url.txt

10.下载下来的文件，使用sra工具里的fastq-dump来解压。

fastq-dump --split-3 ./SRR6040618 --gzip

11.批量解压文件

cat SRR_Acc_List.txt|while read line
do
fastq-dump --split-3 ./sra/${line}* --gzip
done