python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)
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2023-11-14 15:01:58
1. 用simpleitk读取dicom序列:
import simpleitk as sitk
import numpy as np
img_path='f:\\dat...
1. 用simpleitk读取dicom序列:
import simpleitk as sitk import numpy as np img_path='f:\\dataset\\pancreas\\output\\thick\\original\\1' mask_path='f:\\dataset\\pancreas\\output\\thick\\groundtruth\\1' reader = sitk.imageseriesreader() img_names = reader.getgdcmseriesfilenames(img_path) reader.setfilenames(img_names) image = reader.execute() image_array = sitk.getarrayfromimage(image) # z, y, x reader = sitk.imageseriesreader() mask_names = reader.getgdcmseriesfilenames(mask_path) reader.setfilenames(mask_names) mask = reader.execute() mask_array = sitk.getarrayfromimage(mask) # z, y, x
2. 用dicom读取单张dicom图像并显示:
import dicom import pylab ds=dicom.read_file("f:\\dataset\\pancreas\\output\\thick\\groundtruth\\1\\file0001_seg.dcm") pixel_bytes = ds.pixeldata ##ct值组成了一个矩阵 pix = ds.pixel_array ##读取显示图片 pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone) pylab.show() 如果要对dicom图像中的像素值进行修改,继续执行以下代码: ##修改图片中的元素,不能直接使用data_array,需要转换成pixeldata for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300 if val < 300: ds.pixel_array.flat[n]=0 ds.pixeldata = ds.pixel_array.tostring() ds.save_as("newfilename.dcm")
3. 此外,用pydicom也可读取dicom图像
以上这篇python读取dicom图像示例(simpleitk和dicom包实现)就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持。