欢迎您访问程序员文章站本站旨在为大家提供分享程序员计算机编程知识!
您现在的位置是: 首页  >  IT编程

python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)

程序员文章站 2023-11-14 15:01:58
1. 用simpleitk读取dicom序列: import simpleitk as sitk import numpy as np img_path='f:\\dat...

1. 用simpleitk读取dicom序列:

import simpleitk as sitk
import numpy as np
img_path='f:\\dataset\\pancreas\\output\\thick\\original\\1'
mask_path='f:\\dataset\\pancreas\\output\\thick\\groundtruth\\1'
 
reader = sitk.imageseriesreader()
img_names = reader.getgdcmseriesfilenames(img_path)
reader.setfilenames(img_names)
image = reader.execute()
image_array = sitk.getarrayfromimage(image) # z, y, x
 
reader = sitk.imageseriesreader()
mask_names = reader.getgdcmseriesfilenames(mask_path)
reader.setfilenames(mask_names)
mask = reader.execute()
mask_array = sitk.getarrayfromimage(mask) # z, y, x

2. 用dicom读取单张dicom图像并显示:

import dicom 
import pylab  
 
ds=dicom.read_file("f:\\dataset\\pancreas\\output\\thick\\groundtruth\\1\\file0001_seg.dcm")  
pixel_bytes = ds.pixeldata 
 
##ct值组成了一个矩阵 
pix = ds.pixel_array 
 
##读取显示图片 
pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone) 
pylab.show() 
如果要对dicom图像中的像素值进行修改,继续执行以下代码:

##修改图片中的元素,不能直接使用data_array,需要转换成pixeldata 
for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300 
  if val < 300: 
    ds.pixel_array.flat[n]=0 
ds.pixeldata = ds.pixel_array.tostring() 
ds.save_as("newfilename.dcm") 

3. 此外,用pydicom也可读取dicom图像

以上这篇python读取dicom图像示例(simpleitk和dicom包实现)就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持。