python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)

1. 用simpleitk读取dicom序列：

import simpleitk as sitk
import numpy as np
img_path='f:\\dataset\\pancreas\\output\\thick\\original\\1'
mask_path='f:\\dataset\\pancreas\\output\\thick\\groundtruth\\1'
 
reader = sitk.imageseriesreader()
img_names = reader.getgdcmseriesfilenames(img_path)
reader.setfilenames(img_names)
image = reader.execute()
image_array = sitk.getarrayfromimage(image) # z, y, x
 
reader = sitk.imageseriesreader()
mask_names = reader.getgdcmseriesfilenames(mask_path)
reader.setfilenames(mask_names)
mask = reader.execute()
mask_array = sitk.getarrayfromimage(mask) # z, y, x

2. 用dicom读取单张dicom图像并显示：

import dicom 
import pylab  
 
ds=dicom.read_file("f:\\dataset\\pancreas\\output\\thick\\groundtruth\\1\\file0001_seg.dcm")  
pixel_bytes = ds.pixeldata 
 
##ct值组成了一个矩阵 
pix = ds.pixel_array 
 
##读取显示图片 
pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone) 
pylab.show() 
如果要对dicom图像中的像素值进行修改，继续执行以下代码：

##修改图片中的元素，不能直接使用data_array,需要转换成pixeldata 
for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300 
  if val < 300: 
    ds.pixel_array.flat[n]=0 
ds.pixeldata = ds.pixel_array.tostring() 
ds.save_as("newfilename.dcm") 

3. 此外，用pydicom也可读取dicom图像

以上这篇python读取dicom图像示例(simpleitk和dicom包实现)就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考，也希望大家多多支持。