生信人写程序2. Editplus添加Perl, Shell, R模板和语法高亮
前言
“工欲善其事必先利其器”,生信工程师每天写代码、搭流程,而且要使用至少三门编程语言,没有个好集成开发环境(IDE,Integrated Development Environment)那怎么行?
本人使用过vim, editplus, ultraedit, notepad++, sublime。感觉在多语言支持、直接远程编辑脚本、启动速度等方面还是editplus用着比较舒服,适合我的个人习惯。
Editplus 下载和安装
最好官网下载最新版4.3,喜欢的话正版才30$,关键是不注册也不影响使用。
https://www.editplus.com/download.html
有32/64位版,建议安装64位版epp430_64bit.exe,还有中文版(不建议,全是老版本),英语拼写检查(安装了没看到效果);
先安装完成后,打开,会出现配置设置、语法文件位置选择,如下图
建议修改到自己的目录,方便管理和备份,如改为C:\Users\woodc\Desktop\home\soft\editplus
如果不想看到试用字样,百度可以找到很多***/***,很容易**。
添加Perl语言模板
该程序对Perl语法默认支持已经非常好了,只是缺少个生信专用模板,参考我的上篇文章
生信人写程序1. Perl语言模板及配置(http://bailab.genetics.ac.cn/markdown/editplus_dir.png)
右键另存下载perl模板文件直接单击会报错,因为Perl的pl文件是也属于网页的一种,会被解释,而内容又不是网页,所以报错。
主要操作如下:将原文中模板代码复制到editplus中新建的空白文件,点保存;
第一种情况:如果刚才设置了新的模板目录,请选择你自己设置的目录,替换template.pl。
第二种情况:默认的保存位置可替换template.pl即可。
如果下次使用新建 Perl打不开模板,可以尝试将模板代码保存为template.pl在任何位置,选择Tools - Preference - template 选择Perl,设置模板为刚才保存的文件即可。
以后点新建- perl会自己加载我们配置的模板开使写新程序;其实我们更多是找写过相近的程序再修改。
添加Shell语言支持
https://www.editplus.com/others.html
选择* Shell stx - 肖俊斌 (2011-06-21)下载,解压后有stx语法文件放在之前设置的目录;也可直接右键点我下载shell语法
再选择
Tools – Preference – Setting & syntax, Add - 输入 “Shell” – OK, 文件扩展添”sh”,语法文件选择下载的shell.stx;点OK;
Shell写作模板
主要包括命令行参数解析、默认参数设置、程序功能描述及帮助文档等
#!/bin/bash
set -e
### Default parameter
input=input.txt
output=output.txt
database=database.txt
execute='TRUE'
# Function for script description and usage
usage()
{
cat <<EOF >&2
Usage:
-------------------------------------------------------------------------------
Filename: template.sh
Revision: 1.0
Date: 2017/6/24
Author: Yong-Xin Liu
Email: aaa@qq.com
Website: http://bailab.genetics.ac.cn/
Description: This script is solve parameter read and default
Notes: Function of this script
-------------------------------------------------------------------------------
Copyright: 2017 (c) Yong-Xin Liu
License: GPL
This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later version.
This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more details.
If any changes are made to this script, please mail me a copy of the changes
-------------------------------------------------------------------------------
Version 1.0 2017/6/24
# Input files: input.txt, can inclue many file
# 1. input.txt, design of expriment
SampleID BarcodeSequence group gene batch description
WT.1 TAGCTT WT ggps9.10 2 double mutant of ggps9-ggps10, cause A/B down
WT.2 GGCTAC WT ggps9.10 2 double mutant of ggps9-ggps10, cause A/B down
WT.3 CGCGCG WT ggps9.10 2 double mutant of ggps9-ggps10, cause A/B down
# 2. database.txt, annotation of gene
ID description
AT3G48300 Transcript factor
# Output file
1. Annotated samples & DE genes
Samples ID description
Wt AT3G48300 Transcript factor
2. Volcano plot: vol_otu_SampleAvsSampleB.pdf
OPTIONS:
-d database file
-i input file
-o output file or output directory, default output.txt
-h/? show help of script
Example:
template.sh -i input.txt -d database.txt -o result.txt
EOF
}
# Analysis parameter
while getopts "d:h:i:o:" OPTION
do
case $OPTION in
d)
database=$OPTARG
;;
h)
usage
exit 1
;;
i)
input=$OPTARG
;;
o)
output=$OPTARG
;;
?)
usage
exit 1
;;
esac
done
将以上代码保存为template.sh,点击Tools – Preference – Template – Add 命名为Shell,选择template.sh文件,OK。
以后点New file, 选择shell即自动加载模板;
R语言的语法支持
官网下载* R programming language stx - Wei Wang (2007-05-15),或点我下载R语法文件
Tools – Preference – Setting & syntax, Add - 输入 “R” – OK, 文件扩展添”r,R,Rmd”,语法文件选择下载r的stx;点OK;
现在打开个R文件试试,已经语法高亮了
如果有Rstudio server的小伙伴,建议直接用网页版Rstudio在服务器上调式;
远程编辑脚本
先添加远程打开和保存工具栏按钮
Tools - Preference - Tools bar ; 把左侧的Open Remote, Save as Remote 选中按右箭头添加右侧;再选择edit菜单的Line Comment, Line Uncoment添加右侧;把右侧的远程打开和保存托至顶部,常用在前面好找;点OK确定配置连接服务器打开文件编辑
点Open Remote按扭,点Setting设置远程服务器信息,添加服务器名称、IP、账号和密码,再点Advance中选择Encryption为sftp,OK再OK;即可正常连接服务器并浏览文件,我们选择编码Encoding为UTF-8,再打开shell脚本;编辑吧,保存自动为远程保存,可以随时保存后马上运行调试,非常方便;
- 下次再打开已经使用过的文件,记得文件-最近打开文件选择更方便。 5.