配准工具SimpleElastix安装详细步骤(Python版)

安装前准备工作

需要的软件

• python（Anaconda）
• VScode2019社区版
• Cmaker
• git软件或者GitHub桌面版

python

这里推荐用Anaconda创建一个虚拟环境，专门用于SimpleElastix，便于管理包

conda create -n elastix python=3.5 

VScode2019

这里给出巨硬的下载地址，因为我一般不用C++，所以下载社区版就够用了，免费的，下载地址：
VScode19下载

Cmaker下载

有好心的博主给出了下载地址：
https://blog.csdn.net/u013626215/article/details/105097608/
这里面给出的版本是3.18.2的

git SimpleElastix

打开git命令行，跳转到你的目标目录(如：cd D:\Elastix\SimpleElastix)
然后在git中键入：

git clone https://github.com/kaspermarstal/SimpleElastix 

设置Cmaker

PS：最好在Search中输入Python，并且把PYTHON_EXECUTABLE, PYTHON_INCLUDE_DIR ，PYTHON_LIBRARY这三项修改成对应到你的刚才为SimpleElastix创建的虚拟环境下的python路径。

然后点击Configure
注意Python的版本，是64位的还是32位的（这步非常重要！！！）

修改python对应的路径
如果报错：

VScode识别不出来解决方案

https://www.cnblogs.com/qq2806933146xiaobai/p/13359446.html

修改完python路径，再点击config，最后点generate

用VScode编译

注意要切换到Cmake build的那个文件夹

输入：

msbuild ALL_BUILD.vcxproj /p:Configuration=Release 

最后封装python语言

打开Anaconda Prompt

运行

python setup.py install 

可能会出现报错：
error: can’t copy ‘D:\build\SimpleElastix\SimpleITK-build\Wrapping\Python\Packaging_SimpleITK.pyd’: doesn’t exist or not a regular file
不要慌！这个文件在上一级Python目录下，复制一下

参考博客

1. https://simpleelastix.readthedocs.io/GettingStarted.html#compiling-on-windows
2. https://www.pythonf.cn/read/60822
3. https://blog.csdn.net/thinkpad1234567890/article/details/78955253?utm_medium=distribute.pc_relevant_t0.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-1.nonecase&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant_t0.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-1.nonecase
4. https://github.com/SuperElastix/SimpleElastix/issues/233
5. https://blog.csdn.net/weixin_43975801/article/details/104927304