perl代码提取genebank文件中最后部分的fasta序列
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2022-04-24 09:48:59
...
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
my $id;
my $seq;
open IN,$ARGV[0] or die "Can't open genebank file!";
while (<IN>) {
chomp;
if (/ACCESSION/) {
my @infor = split (/\s+/,$_);
$id = $infor[1];
print ">$id\n";
}
if (/\s+\d+\s[ATGCatgc]{10}\s/) {
$seq = $_;
$seq =~ s/\s+//g;
$seq =~ s/\d+//g;
print "$seq\n";
}
}
close IN;
附上genebank文件最后的fasta序列格式
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