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moltemplate导出模型密度控制2.0

程序员文章站 2022-03-27 10:25:45
...

模型

这是我用moltemplate做出来的一个聚合度为50的PE链,共有72条,盒子体积64x64x350,ppf边界。初始结构虽然经过最小化,但是由于间距很小,在lammps中的弛豫过程需要很长的时间甚至会出错。
moltemplate导出模型密度控制2.0

解决方案

  1. 采用soft势
    先用soft势替换原先设定的lj势,达到推开原子,避免重叠的情况,同时也可以做出一个较为良好的初始结构。
pair_style		soft 2.0
pair_coeff		* * 50.0

推开后的效果图:
moltemplate导出模型密度控制2.0
2. 定义随时间变化的wall

variable		z equal 311-0.001*elapsed
fix 			1 all nvt temp 300.0 300.0 100.0
#fix 			2 all langevin 300.0 300.0 80.0 699483	
fix			3 all wall/reflect zlo EDGE zhi v_z
timestep		1.0
run			267400

通过运行步数来控制Z方向的wall,相比我最先采用的密度控制方法更为简单有效!!!!!!!!
效果图:
moltemplate导出模型密度控制2.0
3. 重新定义pair_style 弛豫一段时间

pair_style		lj/cut 10.0
pair_coeff		* * 0.112 4.01