moltemplate导出模型密度控制2.0

模型

这是我用moltemplate做出来的一个聚合度为50的PE链，共有72条，盒子体积64x64x350，ppf边界。初始结构虽然经过最小化，但是由于间距很小，在lammps中的弛豫过程需要很长的时间甚至会出错。

解决方案

1. 采用soft势
   先用soft势替换原先设定的lj势，达到推开原子，避免重叠的情况，同时也可以做出一个较为良好的初始结构。

pair_style		soft 2.0
pair_coeff		* * 50.0

推开后的效果图：

2. 定义随时间变化的wall

variable		z equal 311-0.001*elapsed

fix 			1 all nvt temp 300.0 300.0 100.0
#fix 			2 all langevin 300.0 300.0 80.0 699483	
fix			3 all wall/reflect zlo EDGE zhi v_z
timestep		1.0
run			267400

通过运行步数来控制Z方向的wall，相比我最先采用的密度控制方法更为简单有效！！！！！！！！
效果图：

3. 重新定义pair_style 弛豫一段时间

pair_style		lj/cut 10.0
pair_coeff		* * 0.112 4.01