perl生成特定碱基比例的随机序列的代码

方法一（不使用模块，by agonyr）

#!/usr/bin/perl -w

use strict;

my @seq = ( "a", "t", "c", "g" );
my $length = 10000;

undef my %hash;
$hash{"a"} = int( $length * 0.3 );
$hash{"c"} = int( $length * 0.3 );
$hash{"g"} = int( $length * 0.2 );
$hash{"t"} = int( $length * 0.2 );

my $i = 0;
while ( $i 《 $length ) {
    my $word = $seq[ rand(@seq) ];
    if ( $hash{$word} ) {
        print "$word";
        $i++;
    }
    $hash{$word}--;
}
print "n";

方法二（使用模块，by yixf）

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

use biox::sequtils::randomsequence;

my $randomizer = biox::sequtils::randomsequence-》new(
    {
        l =》 10000,
        s =》 1,
        y =》 "dna",
        a =》 3,
        c =》 3,
        g =》 2,
        t =》 2
    }
);
print $randomizer-》rand_seq(), "n";

两种方法比较

设定长度为10000，acgt的比例为3:3:2:2。

withoutmodule length=10000 gc=49.42% a=2558,c=2503,g=2439,t=2500,others=0
withmodule length=10000 gc=50.00% a=3000,c=3000,g=2000,t=2000,others=0