GNN图网络 之 生成模型(graph generative networks)---GRAPH-TO-GRAPH(JTNN-junction tree)
最近开始看图网络相关的论文。(日常流水账记录)
深度学习火了这么多年,感觉已经是一片红海。但是从深度学习这一成功例子中衍生出来的GNN网络目前为止还算是一篇蓝海。仅仅是从CNN中照搬过去的pooling,attention,rnn,VAE,GAN等等概念,都已经发了很多篇顶会,而且日期基本上围绕在18年左右。因此这一领域确实大有可为。
根据老师的安排,我开始看GNN里面跟生成模型相关的论文,去谷歌搜索了一番,下载了不少论文,日期多在18-19年间。
目前的打算是先专注于molecule也就是化学生物方向,很多关于化学分子式生成的论文。暂时选定了一篇论文进行学习和研究,ICLR 2019的论文:LEARNING MULTIMODAL GRAPH-TO-GRAPH TRANSLATION FOR MOLECULAR OPTIMIZATION。源码在github上面也有:https://github.com/wengong-jin/iclr19-graph2graph。
下载完后开始搭建程序环境。我本身有点不太习惯linux系统,就在win10上通过anaconda进行安装,基于python2.7安装pytorch0.4.1,但是我发现无法找到对应版本,经过n次搜索,终于知道,原来win系统对于pytorch的支持只基于python3.5和3.6,并不支持2.7.很显然,论文作者应该是在linux或者mac上面运行的。
但是python2和python3的代码差距也没那么大,我综合考虑安装虚拟机或换系统的诸多情况,跟转换python代码之间,我选择自己把作者的代码转写成python3的。
首先搭建环境:进入Anaconda Prompt:
conda create --name pytorch python=3.6
然后进入环境,安装pytorch
conda activate pytorch
pip install https://download.pytorch.org/whl/cpu/torch-0.4.1-cp36-cp36m-win_amd64.whl
pip install torchvision
通过import torch和import torchvision测试的时候发现,报-----多维度下无法-----,发现是torchvision版本问题,
pip uninstall torchvision
pip install torchvision==0.2.0
最后测试成功,流水账写完了(开始看代码)