如何用R绘制新冠病毒世界格局(1)

 

今天这篇我们先用ggplot2包做一下主要地区和城市的疫情格局，用点（point）的形式来展示数据，好处是可以看出较小的国家和具体城市的情况。

下一篇我们再给大家展示用多边形（polygon）的形式展示数据，来看出各个国家/地区的整体情况。

 

利用install.packages("package_name")安装几个必要的安装包，加载备用。

install.packages("tidyverse")
install.packages("ggplot2")
install.packages("maps")
install.packages("viridis")
install.packages("readr")
install.packages("viridisLite")

library(tidyverse)
library(ggplot2)
library(maps)
library(viridis)
library(readr)

 

下载数据

最新数据可以从Johns Hopkins University Center for SystemsScience and Engineering (JHU CSSE)下载：https://systems.jhu.edu

Github上有整理好的数据（https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19），我们可以直接下载。

先来下载确诊病例的数据。

Confirmed <- read_csv(url("https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_19-covid-Confirmed.csv")).

以下是原始数据截图，有的国家比如中国美国有细化到省/州的数据，较小的国家就只有全国整体数据，比如泰国，日本等。

 

查看最新的数据

这个数据每天23:59会更新，写这篇文章的时候最新的日期是2020年3月15日，所以我们用这个日期。上面截图中只显示到了1月30日，但后边每天都会添加新的一栏数据。用下面这个代码查看最新日期的数据。

select(Confirmed,tail(names(Confirmed),1))

加载世界地图

world <-map_data("world")
ggplot() +geom_polygon(data=world, aes(x=long, y=lat, group=group), fill="grey")

 

开始作图了

ggplot()+
  geom_polygon(data=world,aes(x=long,y=lat,group=group),fill="grey",alpha=0.3) +
  geom_point(data=Confirmed,aes(x=Long,y=Lat,size=`3/15/20`,color=`3/15/20`),alpha=0.5)

粗略做出效果：

mybreaks<- c(1, 20, 100, 1000, 50000)
mylabels<- c("1-19", "20-99", "100-999","1,000-49,999", "50,000+")
ggplot() +
  geom_polygon(data=world, aes(x=long, y=lat,group=group), fill="grey", alpha=0.3) +
  geom_point(data=Confirmed, aes(x=Long, y=Lat,size=`3/15/20`, color=`3/15/20`), alpha=0.5) +
  scale_size_continuous(name="Confirmedcases", trans="log", range=c(1,7), breaks=mybreaks,labels=mylabels) +
  scale_colour_viridis_c(option="inferno", direction=-1,name="Confirmed cases", trans="log", breaks=mybreaks,labels=mylabels) +
  guides(colour=guide_legend()) +
  theme_void() +
  theme(legend.position="bottom")

细调参数进行美化：

做死亡病例和治愈病例的地图

Deaths <- read_csv(url("https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_19-covid-Deaths.csv"))
Recovered <-read_csv(url("https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_19-covid-Recovered.csv"))