生信技能树 linux下安装bowtie2和使用bowtie2进行初步比对

linux下安装软件

echo $PATH  ##查看路径

 echo $PATH|tr ":" "\n"|xargs ls -lh
ls -lh /usr/bin
下载安装Bowtie2
首先在root下新建一个Biosoft的文件夹，切换目录到该文件夹
cd Biosoft
再在该文件夹下，新建一个Bwotie2的文件夹
mkdir Bowtie2
下载Bowtie2的网址
wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie/1.3.0/bowtie-1.3.0-linux-x86_64.zip ##wget 后面加下载的网址
这一步，下载出错，直接在Windows上下载，然后传输到linux上

传输完了可以查看，然后再解压

unzip bowtie2-2.4.1-linux-x86_64.zip
进一步的切换进入bowtie2-2.4.1-linux-x86_64文件夹目录
然后查看该文件夹下的文件
ls

其中的绿色的是可执行文件
接下来在该目录下运行bowtie2

重点记得在执行bowtie2前加./,不然的话，这个点加斜杠让你怀疑人生，另外在加了./后(./是一个相对路径)，只用打出bowtie2的前四个字母，用TAB键可以补充完整

或者将bowtie2的路径进行赋值

第三步手动添加环境变量，然后就可以直接执行bowtie2

环境变量export PATH="$PATH:/root/Biosoft/Bowtie2/bowtie2-2.4.1-linux-x86_64/"

在bowtie2里面有example文件，可以查看

构建索引
 ./bowtie2-build example/reference/lambda_virus.fa tmp
用给的病毒的基因组进行构建索引


进行比对，并输出SAM文件， -x 是比对，-1是第一个需要比对的reads,后面直接放的是该reads的fastq文件，-2是第二个reads文件， 比对完之后的数据以tmp.sam文件输出
 ./bowtie2 -x tmp -1 example/reads/reads_1.fq -2 example/reads/reads_2.fq -S tmp.sam

比对的结果如下图所示

采用tail tmp.sam 进行查看文件的尾行

echo $PS1是查看用户的环境变量

在linux下echo相当于print 可以打印出想要看的材料

用while进行循环，在linux下，后面的lkjfew是id是一个变量

用for 进行循环

for i in SRR103952*,后面的*号是一个通配符，在此相当于模糊匹配的意思

ln-s 软连接。可以对无权限操作的文件进行重新操作

赋值操作和for 循环
file%%.*是去除两个点.后面的字符串

进行WES分析文件质量检查