python生物信息学数据管理_02第一个python程序

#2.2计算胰岛素序列中的氨基酸频率

#2.2.2python会话示例
# insulin [Homo sapiensl GI:386828
# axtracted 51 amino acids of A+B chain
insulin = 'GlVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT'
for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print (amino_acid, number)

#2.2.3程序如何工作
#长命令要跨几行需要在行尾加上\反斜杠或者收尾加三引号
insulin_complete1 = 'MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG\
GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN'
insulin_complete2 = '''MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG
GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN'''

#2.3.4字符串变量
#索引
#通过方括号内的数字索引，可以提取字符的某些位置。第一个字符被视为在位置O
print( 'Protein'[0])#' P'
print ('Protein'[1])#'r'
#负的索引表明从末尾开始字符寻址
print('Protein'[-1])#'n'
print('Protein'[-2])# i

#切片
#通过在方括号中引人一个冒号，可以提取部分字符串(切片)
print('Protein'[0:3])#pro;不包邮
print('Protein'[1:])# rotein；包左

#字符串算术
# 可以用加号(+)运算来给Python 字符串做加法，这将使两个字符串串联。
print('Protein' + ' '+ 'degradation') # Protein degradation
#字符串也可以乘以整数:
print( 'Protein'*2)#ProteinProtein

#确定字符串长度
#len()函数返回字符串中的字符数，即字符串长度:
print(len ('Protein'))#7

#字符计数
#s.count()函数计算字符或一个短序列出现在一个字符串中的次数:
print('Protein'.count('r'))#1

#2.3.5用for进行循环
#运行循环，遍历字符串
for i  in 'hemoglobin':
    print (i)
#运行循环遍历数字的列表
for i in [1 , 2 , 3 , 4 , 5]:
    print(i)

for i in range(10):#0-9
    print(i)

#2.4示例
#例2.1创建随机序列
import random
alphabet = "AGCT"#索引是0，1,2,3
sequence = ""
for i in range(10):#循环10次，0-9
    index = random.randint(0,3)
    sequence = sequence + alphabet[index]#每次循环都从AGCT中随机选一个字母
print(sequence)

#例2.2 如何在序列中运行滑动窗口
seq = "PRQTEINSEQWENCE"#序列长度为15
print(len(seq))
for i in range(len(seq)-4):#循环次数为11,产生0-10的所有数；这用来表示索引位置
    print(seq [i: i+5])#子序列的定长为5，第一个子序列从位置0-5，最后一个子序列从位置10-14