生物信息学Bioperl-----基于fasta序列构建进化关系树代码

生物信息学Bioperl-----基于fasta序列构建进化关系树代码

方法一：

#使用如下模块
use Bio::AlignIO;
use Bio::Align::DNAStatistics;
use Bio::Tree::DistanceFactory;
use Bio::TreeIO;

#读取一个alignment文件，格式为clustalw格式，存储在alignIO对象$alnio中 
my $alnio = Bio::AlignIO->new(-file => 'filename', -format=>'clustalw');
#新建一个DistanceFactory的对象实例，选择邻接neigborjoin算法计算距离
my $dfactory = Bio::Tree::DistanceFactory->new(-method => 'NJ');
#新建一个DNAStatistics的对象实例
my $stats = Bio::Align::DNAStatistics->new;
#新建一个TreeIO的对象实例，tree的格式指定为newick格式
my $treeout = Bio::TreeIO->new(-format => 'newick');
 #while循环读取的alignment 
while( my $aln = $alnio->next_aln ) {
  #计算距离，并把距离矩阵保存在$mat对象实例中
  my $mat = $stats->distance(-method => 'Kimura',
                             -align  => $aln);
  #生成进化树
  my $tree = $dfactory->make_tree($mat);
  #最后输出进化树
  $treeout->write_tree($tree);

}

方法二：

#使用如下bioperl的模块
use Bio::AlignIO;
use Bio::Align::DNAStatistics;
use Bio::Tree::DistanceFactory;
use Bio::Matrix::IO;
use Bio::TreeIO;
 
 #读取一个alignment文件，保存在一个alingIO的对象当中，对象名为$alinio
my $alnio = Bio::AlignIO->new(-file => 'filename', -format=>'clustalw');

#新建一个DistanceFactory的对象实例，选择邻接neigborjoin算法计算距离
my $dfactory = Bio::Tree::DistanceFactory->new(-method => 'NJ');

#新建一个DNAStatistics的对象实例
my $stats = Bio::Align::DNAStatistics->new;

#新建一个TreeIO的对象实例，tree的格式指定为newick格式
my $treeout = Bio::TreeIO->new(-format => 'newick');
 
 #while循环读取的alignment
while( my $aln = $alnio->next_aln ) {
  #读取外部软件phylip计算得到的alignment的距离值文件filename.dist,并保存在$parser对象中
  my $parser = Bio::Matrix::IO->new(-format => 'phylip',
                                    -file   => 'filename.dist');
  #调用$parser的next_matrix方法，这里可能是距离矩阵
  my $mat  = $parser->next_matrix;
  #调用$dfactory的make_tree方法，参数是$mat，生成树，保存在$tree对象中
  my $tree = $dfactory->make_tree($mat);
  #最会输出生成的tree
  $treeout->write_tree($tree);
}