Centos系统Samtools的安装方法

Centos系统Samtools的安装方法

下载http://www.htslib.org/download/

这里边包含bcftools和HTSlib包，不需要单独下载配置

解压（根据下载文件的后缀选择相应的解压方法，百度即可）

安装

cd samtools-1.x # and similarly for bcftools and htslib 

./configure --prefix=/where/to/install 

make 

make install

当然如果不是编译好的samtools，./configure时就会报错，make时会出现各种报错，主要是：

致命错误：**.h 没有这个文件或文件夹

这里需要依次安装下面几个包：

sudo yum install bzip2-devel

sudo yum install ncurses-libs

sudo yum install ncurses-devel

（注意：这三条可以直接在家目录下执行；如果不要sudo，直接yum，就需要进入root下执行）

如果是装好的，就会提示nothing to do,

如果还出现如下致命错误：

fatal error: lzma.h: No such file or directory

继续执行：

yum install -y xz-devel

（注意：yum是在root用户下执行，如果有sudo，在home目录下执行即可）

以上安装完成之后，回到home中对软件包目录下进行编译：

./configure --prefix=/where/to/install 

make 

make install

成功安装之后，添加环境变量到bashrc文件中：

vim ~/.bashrc

export PATH=/home/hht/biosoft/samtools-1.8/bin:$PATH

source ~/.bashrc

结束！

which samtools（就可以找到软件的安装目录）