WGS数据分析处理流程

1.拿到数据后先检查数据是否完整。用md5sum命令。

#生成md5文件
ls KPGP*| while read KPGP; do echo $KPGP;md5sum ${KPGP} >> ${KPGP}.md5; done

#检查完整性，全部显示OK即可
md5sum -c *.md5

2.对数据进行质检。

#质检
nohup fastqc -o /data/XXXX/WGS/01fastqc -t 10 *.fq.gz &

#multiqc合并质检报告查看
nohup multiqc * -o /data/XXXX/WGS/01fastqc/multiqc &
#若不合格还要进行用cutadaptor去接头等操作。此处合格，则不赘述。

3.与参考基因组进行比对。

#bwa建立索引
bwa index -a bwtsw chrom.37.fa 

#bwa men
vi bwa.sh

for(( i=1 ; i<=6 ; i++ ))
do
  bwa mem -t 4 /data/XXXX/WGS/02hg19/chrom.37.fa \
   /data/XXXX/WGS/KPGP-00001_L${i}_R1.fq.gz \
   /data/XXXX/WGS/KPGP-00001_L${i}_R2.fq.gz > /data/lanyunzhou/WGS/03BWA/L${i}.sam
done

nohup sh bwa.sh &