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GATK环境配置步骤札记3---Ubuntu16.04安装和使用R、RStudio

程序员文章站 2022-07-14 20:53:33
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从开始听GATK的培训会,就想要自己配置一个和GATK-Tutorial阿里云公共镜像一模一样的虚拟机环境。

然而,现实是旅馆的网速很不给力,回来之后沉迷于迫切需要完成的、令我头大的工作,也没有足够多的时间来完成这件事情。

嗯,其实还是自己有些懒了,嘿嘿,就很蠢,其实配置一下,对很迫切需要完成的工作还是有一定的好处的。

基础环境:还是那个镜像,Ubuntu16.04

-->1:安装R

sudo apt-get install r-base

GATK环境配置步骤札记3---Ubuntu16.04安装和使用R、RStudio

-->2:安装R Studio

wget https://download1.rstudio.org/rstudio-1.0.136-amd64.deb
GATK环境配置步骤札记3---Ubuntu16.04安装和使用R、RStudio
sudo apt-get install gdebi-core
GATK环境配置步骤札记3---Ubuntu16.04安装和使用R、RStudio
sudo apt-get install libapparmor1

GATK环境配置步骤札记3---Ubuntu16.04安装和使用R、RStudio

sudo gdebi rstudio-1.0.136-amd64.deb

GATK环境配置步骤札记3---Ubuntu16.04安装和使用R、RStudio-如果想要安装RStudio Server的话,可以继续进行如下的步骤:(愚蠢的我,后知后觉发现这个是我需要的)

-->3:安装RStudio Server

wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-1.0.136-amd64.deb
GATK环境配置步骤札记3---Ubuntu16.04安装和使用R、RStudio
sudo gdebi rstudio-server-1.0.136-amd64.deb

GATK环境配置步骤札记3---Ubuntu16.04安装和使用R、RStudio

初次安装后,会自动启动RStudio,如下图所示:

GATK环境配置步骤札记3---Ubuntu16.04安装和使用R、RStudio

打开浏览器,键入127.0.0.1:8787

GATK环境配置步骤札记3---Ubuntu16.04安装和使用R、RStudio

熟悉的界面就出现了的

如果后续想要继续打开这个界面的话,可以键入如下命令:

rstudio-server start

-->4:尝试安装一些包

install.packages('proto')

GATK环境配置步骤札记3---Ubuntu16.04安装和使用R、RStudio

如果报错,提示package 'proto' is not available(for R version *.*.*)的话,可以尝试如下的解决方式:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("proto")