cutadapt 截取fastq导致fq文件报错

Raw ASCII character 10 but expected 33-based Phred qual 的解决方案

最近使用cutadapt截取数据发现截取的数据没法使用bowtie/bowtie2进行比对，一比对就出现下列问题：

Saw ASCII character 10 but expected 33-based Phred qual.
terminate called after throwing an instance of 'int'

经过一番探究发现cutadapter过滤出来的fastq存在问题：即出现截取后read长度为 0的情况；

这是由于cutadapt 把保留了长度为0的reads，这样bowtie读到改reads时就只能读到换行符，因此报错。

解决办法： 通过设定cutadapt 的 --minimum-length/-m 参数来控制 最终保留 的read的长度，只要 >0 ,就可以正常比对啦！

例如，保留15bp长度
 cutadapt -q 0,10 -m 15 --max-n 0.1 -O 1 -o A.clean.fq.gz A.fq.gz