Biopython(py012)统计碱基数
程序员文章站
2022-07-14 14:18:08
...
有一段DNA序列s,统计四种碱基的个数
这个是Rosalind的第一题 http://rosalind.info/problems/dna/
常规处理方法,使用str.count()
函数
map
自动映射函数后再解包
collections.counter
函数
s='AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC'
def nt_stat(s):
return s.count("A"), s.count("G"), s.count("C"), s.count("T")
print(nt_stat(s))
print(*map(s.count, 'AGCT'))
print(map(s.count,'AGCT'))
print(list(map(s.count,'AGCT')))
print([s.count(x) for x in 'AGCT'])
from collections import Counter
c = Counter(s)
print(c["A"], c["C"], c["G"], c["T"])