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Biopython(py012)统计碱基数

程序员文章站 2022-07-14 14:18:08
...

有一段DNA序列s,统计四种碱基的个数

这个是Rosalind的第一题 http://rosalind.info/problems/dna/

常规处理方法,使用str.count()函数

map 自动映射函数后再解包

collections.counter 函数

s='AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC'
def nt_stat(s):
    return s.count("A"), s.count("G"), s.count("C"), s.count("T")

print(nt_stat(s))
print(*map(s.count, 'AGCT'))
print(map(s.count,'AGCT'))
print(list(map(s.count,'AGCT')))

print([s.count(x) for x in 'AGCT'])

from collections import Counter
c = Counter(s)
print(c["A"], c["C"], c["G"], c["T"])

Biopython(py012)统计碱基数