抗击新冠病毒：NVIDIA免费开放GPU基因组测序软件

为应对新冠病毒疫情，nvidia宣布，将向全球所有covid-19新型冠状病毒研究人员免费提供90天的parabricks软件使用权。

nvidia parabricks软件基于著名的genome analysis toolkit工具包，可通过gpu加速计算，将序列数据分析的速度提高50倍。

目前，各地科研人员正在对新状病毒和covid-19感染者的基因组进行测序，以了解疾病的传播方式并确定易感染人群，但分析基因组序列需要耗费大量的时间和计算力。

parabricks团队去年12月刚刚加入nvidia，他们的软件可以在一台服务器上快速分析一个人的全部基因组变异，并且将分析时间从传统的几天，缩短至一个小时以内。

鉴于此次疫情史无前例的传播速度，如此巨大的提速无疑将对了解病毒进化、疫苗开发带来巨大的推动作用。

nvidia也在联系云服务供应商和超级计算中心，争取提供更多的计算资源和parabricks访问途径。

不过，只有使用nvidia gpu，才能申请并获得parabricks软件的使用权。

另外，使用oxford nanopore long-read数据的研究人员，可以github上找到gpu加速工具存储库，以下应用也已内置nvidia gpu加速功能：medaka、racon、raven、 reticulatus、unicycler。