[python] Edinburgh-Genome-Foundry：序列标识的图形化方法sequenticon

程序员文章站 2022-07-01 15:15:39

...

概述

这是一个python包。

优势

给出标签Identicon，可以单个/批量标识序列。对于某些只差一两个字符的序列，识别更方便。
可以生成pdf文件

劣势

只能生成标签，不提供解码。但是可以对照pdf确认序列与图像的对应关系。
生成pdf的包是该机构自己写的，需要调整代码以调整pdf的内容排布。

代码分析（简单）

位置：
sequenticon-master\sequenticon\sequenticon.py

# 函数
sequenticon(sequence, output_format='png', size=60, output_path=None)
'''
out_format：
One of "png", "base64", "html_image". If "png", raw PNG image data is
      returned (as bytes). If base64, the png data is base64-encoded (string),
      and if html_image, the returned string is ``<img src='data:X'/>`` where
      X is base64 image data (this string is ready to be used in a webpage).
'''      
sequenticon_batch(sequences, output_format='png', size=60, output_path=None)

sequenticon_batch_pdf(sequences, target=None, title="Sequenticons batch")

处理过程

获取序列
使用pydenticon包产生base64数据和图像

generator = pydenticon.Generator(SETTINGS["rows"], SETTINGS["columns"],
                                     foreground=SETTINGS["color_palette"])
img = generator.generate(sequence, size, size)
base_64 = base64.b64encode(img).decode()

数据转换&加密部分
实际是md5加密产生hash码，然后按照一定规则转为01矩阵，然后染色。查看：

你的路径\Lib\site-packages\pydenticon
你的路径\Lib\hashlib.py

如果找不到某些包的位置，可以在交互环境下先import 包名，然后直接输入包名，就会提示路径。（如果安装的时候失败了，会报错）

写出到图片/html/pdf
写出到pdf看pdf_reports包。这个包仍然是该公司的，使用的是weasyprint包，这个包能将html转为pdf。

win10下安装weasyprint包可能报错，如果提示Cairo包有问题，可以看这里：
weasyprint安装：win10+python3.7
其实就是装一下GTK。不清楚的话可以看上面的链接。

以后再更新相关包的修改：）