转录组入门(4)：了解参考基因组及基因注释

目的：
在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。
作业：
截图几个基因的IGV可视化结构！还可以下ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构。了解IGV常识。
载参考基因组

# 解压文件
tar -zxvf chromFa.tar.gz
# 把所有的序列写到一个文件中
cat *.fa > hg19.fa
#删除其他文件
rm chr*.fa

下载注释文件

# 解压并删除原来的文件
gzip -d gencode.v27lift37.annotation.gtf.gz
gzip -d gencode.v27lift37.annotation.gff3.gz

IGV软件的使用

主窗口布局

1. tool bar（工具栏），menu bar（菜单栏），pop-up menus（弹出式菜单）
2. 染色体上的红色盒子表示显示这部分染色体，显示完整染色体时红框会消失
3. 尺度显示了染色体的可见部分，刻度线显示了染色体的位置，跨度列表显示了当前显示的碱基的数量
4. IGV在水平行显示的数据称为tracks。通常,每个tracks代表一个样本或实验。这个例子展示了甲基化、基因表达、拷贝数，LOH和突变数据
5. IGV也显示某些特性,比如在tracks中的基因。默认情况下,IGV在一个面板显示数据，在另一个面板显示数据特性。拖放一个track名称，将一个track从一个面板移动到另一个地方
6. Track名称列在最左边面板。名字的易读性取决于 tracks的高度，例如，track越小，它的名字的可读性越小
7. 属性名称被列在顶部的属性面板。彩色块代表属性值,每个独特的值被都有一个独特的颜色。鼠标放在一个颜色块的附近来查看其属性值

导入参考基因组及注释信息，查看感兴趣基因的结构
通过genome -> Load Genome From Files导入hg19.fa
进一步，File -> Load From Files接着导入gtf文件，需要先sort，才能导入