Linux安装R以及依赖库出现的一些问题及解决方法

程序员文章站 2022-06-04 17:53:36

...

1.安装R

在 /etc/apt/sources中添加源

sudo vim /etc/apt/sources.list

在sources.list文件的最后一行为系统添加相应的镜像源

#(19.04)
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu disco-cran35/
# (18.10)
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu cosmic-cran35/
#(18.04;LTS)
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
#(16.04; LTS)
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/
#(14.04; LTS)
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty-cran35/

更新软件源列表

sudo apt-get update

执行如下命令安装R语言:

sudo apt-get install r-base

系统会提示“您希望继续执行吗? [y/n]" ,可以直接从键盘输人y，然后按Enter键就可以了。只要遇到提问,都在键盘输人y后按Enter键即可。

旧版本的R安装时屏幕会显示“--在此连线阶段时请选用CRAN的镜子--”,并弹出一个白色背景的竖条形窗口,窗口标题是HTTPS CRAN mirros,标题下面列出了很多国家的镜像列表,可以选择位于China的镜像，例如，选择China( Bejing)[https],然后单击OK按钮,就可以开始安装。新版本的不会显示，可能是新版本默认设置为外国版本（我用的3.6.3版本的是这样）。安装过程需要几分钟时间，当然,安装过程所需时间,也和当前网络速度有关系。安装结束后,输入“R”启动R。

2.安装依赖库

为了完成可视化分析功能，需要为R安装一些依赖库,包括RMySQL、ggplot2、devtools和recharts。启动R进人R命令提示符状态,执行如下命令安装RMySQL:

> install.packages('RMySQL')

安装可能会出现以下错误：

Configure could not find suitable mysql/mariadb client library. Try installing:
* deb: libmariadbclient-dev | libmariadb-client-lgpl-dev (Debian, Ubuntu)
* rpm: mariadb-connector-c-devel | mariadb-devel | mysql-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
* csw: mysql56_dev (Solaris)
* brew: mariadb-connector-c (OSX)
If you already have a mysql client library installed, verify that either
mariadb_config or mysql_config is on your PATH. If these are unavailable
you can also set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

如下图所示：

Linux安装R以及依赖库出现的一些问题及解决方法

我们需要安装所欠缺的组件，也就是*deb：（红色横线）后面所显示的组件。执行下面命令安装：

sudo apt-get install libmariadb-client-lgpl-dev

然后再重新执行如下命令安装RMySQL:

> install.packages('RMySQL')

执行如下命令安装绘图包ggplot2:

> install.packages('ggplot2')

接下来继续运行下面命令安装devtools:

> install.packages('devtools')

安装时可能也会出现类似的错误：

Configuration failed because openssl was not found. Try installing:
* deb: libssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
* rpm: openssl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
* csw: libssl_dev (Solaris)
* brew: aaa@qq.com (Mac OSX)
If openssl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a openssl.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
--------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘openssl’

Configuration failed because libxml-2.0 was not found. Try installing:
* deb: libxml2-dev (Debian, Ubuntu, etc)
* rpm: libxml2-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
* csw: libxml2_dev (Solaris)
If libxml-2.0 is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libxml-2.0.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

如下图：

Linux安装R以及依赖库出现的一些问题及解决方法

同样的，我们安装*deb后面所缺少的组件即可，可能需要安装以下四个组件：

sudo apt-get install libssl-dev
sudo apt-get install libssh2-1-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libxml2-dev

最后在R命令提示符下,再执行如下命令安装taiyun/ recharts :

> devtools::install_github('taiyun/recharts')

是的，还是会可能出现错误：

> devtools::install_github('taiyun/recharts')
错误: Failed to install 'unknown package' from GitHub:
Failed to connect to api.github.com port 443: 拒绝连接

安装R时我们说到新版本的R可能是默认使用外国的镜像，我们只需使用以下命令设置CRAN使用清华大学镜像即可：

options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))

接着重新安装taiyun/ recharts :

> devtools::install_github('taiyun/recharts')

至此，R可视化分析的安装工作完成。

参考链接:https://blog.csdn.net/m0_37601622/article/details/93135920

https://blog.csdn.net/qq_41858657/article/details/104707330