antiSMASH安装
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2024-03-04 12:13:11
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antiSMASH是目前寻找代谢基因簇最好的软件，一般情况下，参与代谢途径中生物合成酶的基因在染色体上成簇排列，基于指定类型的模型，可以准确鉴定所有已知的次级代谢基因簇。在antiSMASH中，将次级代谢基因簇分为了24类。antiSMASH依赖的软件有ncbiblast、hmmer、glimmer3、GlimmerHMM和muscle。
安装antiSMASH：
# 使用conda环境
# 添加源
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
# 创建名为antismash的环境
conda create -n antismash antismash
# 启动antismash环境
conda activate antismash
参考