从bam中截取指定位置的 reads 或深度

从bam中截取指定位置的 reads 或深度

 samtools view -h recall.bam chr1:1116029-1116298 > get.sam  # 获取指定位置reads
 samtools view -bS get.sam | samtools sort - -o get.bam   # sam--->bam，排序
 samtools index get.sam   #  建索引
 
 # 深度统计
 samtools depth -r chr1:1116029-1116298 -d 10000000 -a recall.bam > results.cov