ubuntu下安装R
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2022-06-10 10:06:46
...
在Ubuntu软件中心搜索 r-base 直接安装
或者
添加源,然后通过apt-get安装:
- sudo apt-get install r-base
方法2
下载R的源码包(http://www.r-project.org/),比如:R-2.13.0.tar.gz
解压:
- tar -zvxf R-2.13.0.tar.gz
- cd R-2.13.0
- ./configure --prefix=/home/xxx/R --enable-R-shlib
prefix设置R的安装路径,enable-R-shlib可以保证lib目录下的动态库能够共享
如果提示G77错误
- sudo apt-get install build-essential
- sudo apt-get install gfortran
如果提示错误:configure:error:--with-readline=yes(default)...
- sudo apt-get install libreadline6-dev
如果提示错误:configure:error:--with-x=yes(default) and X11...
- sudo apt-get install libxt-dev
安装:
- make
- make install
link到bin目录下:
- cd /bin
- sudo ln -sv /home/xxx/R/bin/R
至此安装完毕。
------------------------------------------------------
安装pkg:
终端下输入:R
- source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
- biocLite()
默认将安装一下几个包
affy affydata affyPLM
annaffy annotate Biobase
Biostrings DynDoc gcrma
genefilter geneplotter hgu95av2
limma marray matchprobes
multtest ROC vsn
xtable affyQCReport
如果需要Bioconductor上别的包的话,可以使用
biocLite(c("pkg1", "pkg2"))
如:
- biocLite(c("copula", "pspline"))
- install.packages(c("pkg1", "pkg2"))
------------------------------------------------------
编辑器:
1.直接shell。终端输入R,就进入R命令行了。
2.安装GUI:Rcmdr- sudo apt-get install r-cran-rodbc
- sudo apt-get install r-cran-rcmdr
3.用emacs
通过软件中心搜索emacs ess直接安装。打开emacs
M-x R输入R的路径,就进入R编辑模式了。
emacs中可以用下面三条指令把正在编辑的程序文本送给R运行:
C-c C-n 当前行C-c C-c 当前段
C-c C-b 当前整个文件
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