读取三维TIFF
前言
Matlab用来读取图像的函数是imread（），顾名思义image read，同样的道理写图片的函数是imwrite（）；
但是imread（）函数可以用来读取二维的图像，例如jpg、png、bmp格式以及二维的tiff图像，对于三维的Tiff图像，却无法读取整张图像，如果直接使用imread，那么被读取的是三维数据中的第一帧。
那么如何读取三维的TIFF图像呢？
读取三维TIFF
1. 获取图像信息
-
clear all -
clc; -
filepath='test.tif'; %%图像名称与路径 -
Info=imfinfo(filepath); %%获取图片信息并判断是否为tif
首先，我们来看Info中存储着那些信息；
其中存储着图像的基本信息，比如整个图像的大小FileSize，存储了单张图像的尺寸Width与Height，存储了图像有多少张字段，以及图像的位深 BitDepth等信息。
获得这些信息后，我们就可以准备读入图像了。
-
tif='tif'; -
format=Info.Format; -
if (strcmp(format ,tif)==0) -
disp('载入的不是tif图像，请确认载入的数据'); %%确保载入的图像是tiff图像 -
end -
Slice=size(Info,1); %%获取图片z向帧数 -
Width=Info.Width; -
Height=Info.Height;
2. 准备数组
我们已经获得了图像的信息，在这之后，我们需要声明一个三维的数组，然后一层一层的读入图像就可以了；
-
Image=zeros(Height,Width,Slice); -
for i=1:Slice -
Image(:,:,i)=imread(filepath,i); %%一层一层的读入图像 -
end
至此，我们读入图像的过程就已经结束，Image这个数组就是我们所获得的三维图像，后续我们只需要对这个数组进行操作即可。
写三维TIFF图像
写图像我们就用imwrite（）函数就好，但是在使用的过程中，总是出现问题，不得不说matlab对于三位TIFF图像的支持不够。所以，我都是现将图像的每一帧进行输出最后利用其它软件进行合并，例如Fiji。
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for i=1:Slice -
J=uint8(Image(:,:,i)); %%一层一层写出图像 -
%%imwrite(J,[dir,'.tif'],'WriteMode','Append'); -
imwrite(J,[num2str(i,'%04d'),'.tif']); -
end
以上代码中，被注释掉的就是直接写TIFF的代码，当TIFF图像帧数不多时，可以尝试用该方法，就是加上一个Append的写出模式，这种模式下，不可以使用parobj，否则图像是乱序的。 在这里需要提醒大家，在写出图像的时候，要保证图像序号的一致性，比如，100张图像，序号应该是0001-0100.tif，而不是1-100.tif，后者的话，Fiji等软件时无法将其读入同一个图像栈的，也就无法保存。
方法一：
num2str(i,'%04d')方法二：
sprintf（'%04d',i） 完整的代码如下
灰度tiff读写代码
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clear all -
clc; -
filepath='test.tif'; %%图像名称与路径 -
Info=imfinfo(filepath); %%获取图片信息并判断是否为tif -
tif='tif'; -
format=Info.Format; -
if (strcmp(format ,tif)==0) -
disp('载入的不是tif图像，请确认载入的数据'); %%确保载入的图像是tiff图像 -
end -
Slice=size(Info,1); %%获取图片z向帧数 -
Width=Info.Width; -
Height=Info.Height; -
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% -
Image=zeros(Height,Width,Slice); -
for i=1:Slice -
Image(:,:,i)=imread(filepath,i); %%一层一层的读入图像 -
end -
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% -
for i=1:Slice -
J=uint8(Image(:,:,i)); %%一层一层写出图像 -
%%imwrite(J,[num2str(i,'%4d'),'.tif'],'WriteMode','Append'); -
imwrite(J,[num2str(i,'%04d'),'.tif']); -
end
彩色tiff图像读写代码（注意，这是彩色图像的代码，灰度图像的代码在上方）
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clear all -
clc; -
filepath='test.tif'; %%图像名称与路径 -
Info=imfinfo(filepath); %%获取图片信息并判断是否为tif -
tif='tif'; -
format=Info.Format; -
if (strcmp(format ,tif)==0) -
disp('载入的不是tif图像，请确认载入的数据'); %%确保载入的图像是tiff图像 -
end -
Slice=size(Info,1); %%获取图片z向帧数 -
Width=Info.Width; -
Height=Info.Height; -
Image=zeros(Height,Width,Slice*3); -
for i=1:Slice -
Image(:,:,(i-1)*3+1:i*3)=imread(filepath,i); %%一层一层的读入彩色图像 -
end -
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% -
图像处理操作 -
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% -
for i=1:Slice -
J=uint8(Image(:,:,(i-1)*3+1:i*3)); %%一层一层写出图像 -
%%imwrite(J,[num2str(i,'%4d'),'.tif'],'WriteMode','Append'); -
imwrite(J,[num2str(i,'%04d'),'.tif']); -
end