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ubuntu 18.04安装freesurfer 7

程序员文章站 2022-05-29 10:26:28
...

自己没用freesurfer,实验室师兄师姐们在用,想着以后可能会用,先安装上,安装记录以供参考,不涉及使用。

第一步:下载安装包,下载最近的7安装包,下载地址为:https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/rel7downloads,我是随便下的,ubuntu 18.04,下载的第一个freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.1.0.tar.gz,网速不太好,下了一天多。

第二步:放到想安装的位置,一般推荐**/usr/local**,这个地方在other locations =>> computer里可以找到。以此位置为例,解压到该位置:

tar -zxvpf freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.1.0.tar.gz

等待2-3分钟即可解压好。

第三步:修改文件,我修改的bash文件:

sudo gedit ~/.bashrc

在最后加上安装的位置:

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

保存,退出,source一下:

source ~/.bashrc

显示如下的字样:
-------- freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.1.0-20200511-813297b --------
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
FSFAST_HOME /usr/local/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
SUBJECTS_DIR /usr/local/freesurfer/subjects
MNI_DIR /usr/local/freesurfer/mni

第四步:
输入:

which freeview

会显示freeview的位置,/usr/local/freesurfer/bin/freeview

输入:

freeview

则显示freeview的操作界面。

其余情况说明:
1、本人并未使用该软件,仅为安装记录,如有错误,请参考其余博客。
2、我看官方说使用需要License,在官网注册就是,https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/DownloadAndInstall,最下面就是,免费的,然后放在安装目录下。
3、部分使用freeview显示缺少libpng12.so.0,很奇怪,我的没有报错,需要这个文件的直接去我下载中心下就是,一般放在usr/local就可以用了。

*ps:*小白纯记录,我的Ubuntu是安装在Windows10 的双系统,是因为之前安装过有些软件,偶然的机会不小心把Ubuntu搞崩溃过一次。。重装了一个双系统,发现很多软件又忘了怎么安装。为了拯救自己的记忆力,记录一下,方便以后回忆 。